Metal Gear Solid 3 : Snake Eater part donc de ce postulat et s'appuie sur les événements de la Guerre froide dont la crise des missiles de Cuba a été un des points les plus importants.
Situant son histoire dans les années 60, Kojima en profite pour nous raconter la genèse de Snake, de The Boss, du projet Les Enfants terribles et de plusieurs personnages emblématiques de la saga à l'image de Revolver Ocelot qui, d'un pistolero juvénile, se transformera en sadique tortionnaire bien des années plus tard.
Bien qu'il soit préférable d'avoir terminé MGS et MGS 2 pour comprendre les tenants et les aboutissants de certaines révélations, le scénario du jeu pourra malgré tout se laisser déguster, tant la galerie de "seconds couteaux" est intéressante.